在科研創新方面,許校長近年積極推廣「近自然工法」(Natural Based Solution, NBS),這是1套兼顧安全、景觀、生態與親水功能的創新思維。不同於傳統耗費大量混凝土的硬體工程,NBS強調與自然協同,透過模擬自然地形或植被等方式進行海岸治理,有效緩解海岸侵蝕並維持生物多樣性。其開發的風浪模式如「WWMⅢ」與「ATOM」,已應用於包含德國北海、義大利威尼斯及臺灣環島海岸等重要水域,精確的預報成果深受國際肯定。
此外,國科會推動設立之「國家智慧機器人研究中心(National Center for AI Robotics, NCAIR)」與經濟部推動的「智慧機器人創新與應用研發中心(AI Robotics Innovation & Development Center, ARIDC)」,已分別設立於台南沙崙及工研院六甲院區,並結合「台灣科技新創基地(Taiwan Tech Arena, TTA)」南部據點,構築「大南方新矽谷」的智慧科技廊帶。此區域將串聯產學研資源,推動智慧機器人研發、實證應用及國際新創合作,成為台灣智慧科技產業新重鎮。